上一部开头，尼奥（基奴李维斯 饰）终究意想到本人的本领以及任务，中弹复生后，酿成了无所事事的“救世主”，他以及女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，遭到人们的强烈热闹欢送。　　此时，“母体”决议先动手为强，派出了两万五千只电子乌贼打击锡安基地；墨菲斯、尼奥以及崔妮蒂则再次进入“母体”，探求“制钥者”，筹办从外部粉碎；而本该被尼奥覆灭的特勤史姑娘仿佛出了点成绩，离开了“母体”的把持，具有可骇的复制本领，拦阻尼奥他们的步履。 虚伪的家庭关系，真实的家人亲情。